Lo más fácil es instalar "alacarte", que es un gestor de menús para Gnome y añadir el programa. Alacarte nos creará un fichero en ~/.local/share/applications/ con extensión .desktop en el que podremos ver una información como esta:
[Desktop Entry] Comment= Terminal=false Name=Packet Tracer Exec=/opt/pt/bin/PacketTracer6 Type=Application Categories=Application;Network; Icon=/opt/pt/art/app.png
Sólo con esto ya tenemos la aplicación en el menú. Pero si además queremos que aparezca en el menú contextual cuando pinchamos encima de un fichero del tipo Packet Tracer, debemos añadir algunas opciones más para que quede como sigue:
[Desktop Entry] Comment= Terminal=false Name=Packet Tracer Exec=/opt/pt/bin/PacketTracer6 %f Type=Application Categories=Application;Network; Icon=/opt/pt/art/app.png MimeType=application/octet-stream
Necesitamos asociar un tipo Mime que se corresponda con el tipo del fichero y además añadir el "%f" al final de la línea del ejecutable para que Gnome interprete que es una aplicación que puede abrir fichero y, por tanto, lo muestre en el menú contextual en los ficheros que coincidan con su tipo mime.